Sông trong Rừng Đen bao gồm sông Donau (có nguồn gốc trong Rừng Đen là hợp lưu của Brigach và sông Breg), Enz, Kinzig, Murg, Nagold, Neckar, Rench, và Wiese. Rừng đen là một phần của sự phân chia lục địa giữa hệ thống thoát nước lưu vực Đại Tây Dương (dòng chảy của sông Rhein) và biển thoát nước lưu vực đen (cấp nước bởi sông Danube).